Cap al 5500 aC, petites tribus que vivien a la vall del Nil havien desenvolupat unes sèries de cultures úniques manifestant control ferm de l'agricultura i la ramaderia i identificables per la seva ceràmica i objectes personals únics, com pintes, braçalets, i collarets. La primera d'aquestes cultures es va establir al Baix Egipte a el-Omari al nord de Helwan, a Merimde a l'oest del Delta del Nil, i a les vores de la costa septentrional del Llac Moeris a la regió del Fayium. El neolític d'el-Omari i especialment el Fayium es feia notar pels avançats estris de pedra que van modelar la indústria lítica prehistòrica a Egipte.El Faiyum es trobava a la intersecció de tres rutes: de la Vall del Nil mateix, del Sàhara oriental i de l'Orient Pròxim, d'aquesta manera disposava de característiques de tots tres. Merimde era una de les més grans comunitats septentrionals, comparable en extensió i estructura al Nekhen predinàstic. A més a més de la seva tecnologia lítica, la seva cultura es caracteritzava per formes sofisticades de vasos i anells i culleres de ceràmica, i els caps de maça de pedra que van esdevenir populars al final de la història egípcia.
Molts segles més tard, les cultures predinàstiques meridionals es van començar a establir. Eren contemporanis amb els assentaments del predinàstics tardans de l'Egipte septentrional, com Maadi, Buto i Heliòpolis.La primera comunitat meridional, Badari, es coneixia per la seva ceràmica d'alta qualitat, estris de pedra, i el seu ús del coure. Les sepultures badaris, simples clots amb signes d'estratificació social, suggereix que la cultura estava caient sota control de líders més poderosos. Al nord, la ceràmica maadiana era un desenvolupament local, feta de silt del Nil i ocasionalment decorada amb ocells i serekh sostenint els primers noms d'Horus. Mentre Maadi era com un centre comercial, el contacte entre l'Alt i el Baix Egipte en aquest punt no era significatiu; les relacions comercials amb Palestina i Sumer, tot i això, estaven fortament assegurades.Maadi també era la principal font de vaixells de basalt, la distribució dels quals esdevé més difosa al sud després que l'Egipte septentrional cau sota el control dels legisladors de l'Alt Egipte.
Cap a la segona meitat del quart mil·lenni aC va aparèixer una cultura que presentava els trets bàsics del que seria l'Egipte històric. A aquesta època se la va anomenar en arqueologia Naqada II, car va ser una estació de característiques especials. Van sorgir, llavors, l'escriptura jeroglífica, la irrigació a gran escala i un urbanisme incipient, els cultes primordials i els centres de poder polític que van esdevenir en dos regnes, un del nord i l'altre del sud.
En un període de cap a 1000 anys, la cultura Naqada es va desenvolupar des de petites comunitats grangeres fins a una poderosa civilització els líders de la qual retenien el control suprem sobre la gent i els recursos de la Vall del Nil.
Establint un poder central a Nekhen, i després a Abidos, els líders de Naqada van estendre el seu control d'Egipte cap al nord seguint el curs del riu i van establir contactes comercials amb Núbia, els oasis del desert occidental, i les cultures de la Mediterrània oriental.La cultura Naqada va manufacturar diversos ornaments de béns materials, els quals incloïen ceràmica pintada, vasos de pedra decoratius d'alta qualitat, paletes cosmètiques, i joies fetes d'or, lapislàtzuli, i ivori. També van desenvolupar un vernís conegut com faiança, el qual era força utilitzat durant el Període romà, per decorar copes, amulets, i petites figures. Durant l'última fase del predinàstic, la cultura Naqada va començar a utilitzar símbols escrits que van evolucionar en un sistema ple de jeroglífics per escriure l'egipci.
